Está plenamente probado que el día 11 de diciembre de 1980, unidades del Batallón Atlacatl dieron muerte en el caserío El Mozote, de manera deliberada y sistemática, a un grupo de más de doscientos hombres, mujeres y niños, que constituía la totalidad de la población civil que el día anterior habían encontrado en el lugar y que desde entonces tenían en su poder.
Los oficiales al mando del Batallón Atlacatl para el momento de la operación que la Comisión ha logrado identificar son los siguientes: Comandante del Batallón: Teniente Coronel Domingo Monterrosa Barrios (fallecido); Ejecutivo: Mayor Natividad de Jesús Cáceres Cabrera (hoy Coronel) Jefe de Operaciones: Mayor José Armando Azmitia Melara (fallecido); Comandantes de compañías: Juan Ernesto Méndez Rodríguez (a esa fecha Coronel) Roberto Alfonso Mendoza Portillo (fallecido), José Antonio Rodríguez Molina (a esa fecha Teniente Coronel), Capitán Walter Oswaldo Salazar (a esa fecha Teniente Coronel), y José Alfredo Jiménez (a esa fecha prófugo de la justicia).
Está suficientemente comprobado que en los días que precedieron y siguieron a la masacre de El Mozote, fuerzas militares que participaban en la “Operación Rescate” masacraron a la población civil no combatiente en el cantón La Joya, en los caseríos La Ranchería, Jocote Amarillo y Los Toriles, y en cantón Cerro Pando. Además del Batallón Atlacatl, participaron en esta operación, unidades de la Tercera Brigada de Infantería, cuyo comandante era el Coronel Jaime Flores Grijalva (hoy retirado) que además tuvo a su cargo la supervisión de la operación, y del Centro de Instrucción de Comandos de San Francisco Gotera, cuyo comandante era el Coronel Alejandro Cisneros (hoy retirado).
El Alto Mando de la Fuerza Armada, a pesar de haber tenido noticia de la masacre, y de ser ésta fácilmente comprobable por la profusión de cadáveres insepultos, no hizo o no dio a conocer averiguación alguna y negó reiteradamente su existencia. Hay plena prueba de que el General José Guillermo García, en ese entonces Ministro de Defensa, no promovió investigaciones que permitieran esclarecer los hechos.
Hay prueba suficiente de que el General Rafael Flores Lima, en ese entonces Jefe del Estado Mayor de la Fuerza Armada, 13 tuvo conocimiento de la ocurrencia de la masacre y tampoco promovió ninguna investigación.
El Alto Mando tampoco tomó medida alguna para evitar la repetición de hechos similares, de manera que las mismas unidades fueron utilizadas en otros operativos y aplicaron procedimientos similares. La masacre de El Mozote fue una violación seria del Derecho Internacional Humanitario y del Derecho Internacional de Derechos Humanos.
El Presidente de la Corte Suprema de Justicia de El Salvador, Dr. Mauricio Gutiérrez Castro, ha tenido una injerencia indebida y negativa, con criterios políticos parcializados, en el procedimiento judicial que se sigue en el caso.
