Esta temporada sigue los pasos del agente de la DEA, Walt Breslin (Scoot McNairy), quien narrar los sucesos que lo acompañaran. Él es quien ha estado narrando desde la primera temporada. Breslin quiere tomar venganza por el asesinato de uno de sus compañeros, Kiki Camarena (Michael Peña), aunque Ernesto Fonseca Carrillo “Don Neto” (Joaquín Cosío) y Rafael Caro Quinteros “Rafa” (Tenoch Huerta), quienes son acusados por este asesinato y guardan prisión, sabe que el principal autor de las torturas y el asesinato de Camarena aún está libre y ese sería Miguel Ángel Félix Gallardo (Diego Luna), el capo del Cártel de Guadalajara.
No dándose por vencido, crea el “Operación Leyenda” junto con algunos compañeros quienes le ayudarán en tomar de rehenes y torturar a los que estaban involucrados para poder detener los planes de Félix. Mientras que Félix sigue con querer expandir la cocaína hacia Estados Unidos que le enviaban desde Colombia, su socio Hélmer Herrera Buitrago alias “Pacho”.
Mientras los planes de Félix siguen en pie, las plazas compartidas de Sinaloa y Juárez empiezan a tener disputas entre ellos, María Félix Gallardo, esposa de Félix, se aleja de él con sus hijos, nuevos socios entran en la mira como Juan Guerra, quien será después su competencia.
Se logra ver los inicios de la idea de los túneles de Joaquín "El Chapo" Gúzman como una forma de atravesar la frontera bajo tierra y no ser percibidos por la policía. Una Amado Carrillo con nuevos aviones y un Pablo Acosta queriéndose retirar y enamorado. Teresa independiente y con un trato que le hará ganar demasiado… y demasiado cerca de la muerte.
Entre las elecciones del 1988 y los arrestos de Matta en Nicaragua, la Federación en peligro de separarse, el mundo del narcotraficante da un giro de 180°. La Guerra contra las drogas apenas comienza.
Narcos: México regresa con 10 episodios de 55 minutos, llenos de violencia, guerra, traiciones, sangre, México en crisis, elecciones fraudulentas y la “caída del sistema”, nuevos tratos, nuevos personajes; viejos que regresan. La vida de uno de los más poderosos narcotraficantes de Latinoamérica, conocido como “El Padrino” o “El Jefe de Jefes”, en la segunda temporada ofrece muchos detalles de esta.
