Durante el largo proceso de negociación de los Acuerdos de Paz, el FMLN comenzó a incubar formas de analizar la realidad y de manejar los intereses partidarios, que luego se expresaron en una fuerte debilidad ideológica; los factores que favorecieron esas prácticas fueron: había caído la Unión Soviética y los EEUU se estaba consolidando como la única potencia hegemónica mundial; estaba desapareciendo la crisis económica de los ochenta, que golpeó fuertemente a los países centroamericanos; el movimiento popular había sido coptado o inmovilizado por el FMLN; al interior de las cinco organizaciones surgieron combatientes y aliados que se daban por satisfechos con desplazar a los militares de la conducción política del país o sentían el cansancio de los varios años de lucha armada; existía la necesidad de reajustar el programa revolucionario, al tener que pasar a ser un partido político que se comprometía a respetar las reglas del juego democrático.
A partir de la firma de los Acuerdos de Paz se produjo un debilitamiento ideológico al interior del FMLN. Las posibles razones que explican las deficiencias del FMLN al caracterizar las fuerzas motrices de la revolución y sus intereses más importantes, así como estimar fidedignamente su capacidad de maniobra política, a nivel nacional e internacional, fueron: los cambios que ha venido experimentando la realidad salvadoreña, especialmente la configuración de las clases sociales y los efectos de la emigración; la crisis ideológica de la izquierda mundial; la ofensiva ideológica de la derecha tratando de coptar a los dirigentes; la tendencia a la derechización de la concepción ideológica de muchos dirigentes; la crisis del movimiento social, especialmente el gremial, que hizo más difícil ver el papel de las fuerzas sociales que impulsaban el proceso revolucionario; el encerramiento o enconchamiento de las diferentes instancias organizativas de ese partido.
Durante el proceso de desmovilización y de transformación del FMLN en partido político se definió que los militantes serían los cuadros políticos encargados de asegurar que el proceso de participación electoral del partido conduciría finalmente al gobierno democrático revolucionario; en cada elección se debía elaborar un programa de gobierno con esa perspectiva estratégica, pero adecuado a las condiciones objetivas y subjetivas de la población en ese momento histórico; la educación ideológica de la militancia debía hacerse en función de la revolución democrático revolucionaria, la cual crearía condiciones para avanzar hacia el socialismo; mientras que la propaganda electoral para la población se haría para impulsar el programa de gobierno formulado para cada elección.
La concepción revolucionaria del trabajo del partido fue olvidada o dejada de lado por la mayoría de la dirigencia del partido, entregándose casi completamente a la participación electoral del país y al interior del partido. Esta debilidad teórica se expresó fuertemente en el período 1992/2000. Sus manifestaciones fueron la poca utilización de la investigación científica de la historia; la preferencia por el análisis de coyuntura; el abandono de la teoría de las clases sociales y sus contradicciones; el predominio de los intereses personales de algunos dirigentes. En 1994, la división interna era evidente: además de la Corriente Revolucionaria Socialista, liderada por Schafik Handal, que mantenía el planteamiento ideológico enarbolado durante la guerra; estaba la Corriente Renovadora, dirigida por Facundo Guardado; la Corriente Tercerista liderada por Gerson Martínez; y la Tendencia Revolucionaria cuyo principal vocero era Dagoberto Gutiérrez.
No obstante la debilidad teórica del FMLN, una parte importante de la población depositó su confianza en el FMLN, logrando ganar alcaldías y diputados en la primera elección municipal y legislativa en que participó como partido político; su candidato presidencial Rubén Zamora, un doctorado en Ciencias Políticas y con una larga experiencia como aliado del FMLN, logró pasar a la segunda vuelta y obtener el 34 % de los votos válidos. Este alto porcentaje de votación no se pudo mantener en la elección presidencial de 1999, debido a: la falta de hegemonía de la Corriente Revolucionaria Socialista, la cual no logró que se aceptara la candidatura de la Dra Marina de Avilés y Salvador Arias, lo que creó la condiciones para que las otras corrientes ideológicas lograran la nominación de Facundo Guardado y Nidia Díaz; falta de alianza electorales (Rubén Zamora fue el candidato del Centro Democrático Unido); debilidad político ideológica; falta de una explicación transparente de las razones por las cuales se había negociado los Acuerdos de Paz; pugnas internas durante el proceso electoral; problemas de organización; falta de carisma del candidato; ausencia de un verdadero programa de gobierno; así como la falta de confrontación con el candidato de ARENA. La población dio un voto de castigo por la conducta errática e indefinida del FMLN, mostrándole su falta de confianza; sólo se logró obtener aproximadamente el 29 % de los votos válidos, lo que le impidió pasar a una segunda vuelta.
