El gobierno de Estados Unidos expresó preocupación por la reciente decisión del Juzgado de Instrucción de San Francisco Gotera de emitir órdenes de arresto contra exdiputados y un ex presidente de la junta directiva de la Asamblea Legislativa en 1993. Los señalados son Rubén Ignacio Zamora Rivas, Luis Roberto Angulo Samayoa, Raúl Antonio Peña Flores, Raúl Manuel Somoza Alfaro y el ex presidente Alfredo Félix Cristiani.
El tribunal dictaminó que estos individuos protegieron a los responsables de crímenes de lesa humanidad durante la masacre del cantón El Mozote y áreas circundantes, perpetrada en diciembre de 1981. Esta masacre se cobró la vida de aproximadamente 1,000 personas, en su mayoría mujeres y niños. La resolución judicial considera que la Ley de Amnistía de 1993, aprobada por la Asamblea Legislativa, encubrió estos crímenes, lo que impide que los delitos prescriban.
El Gobierno señaló que “lamentablemente, esta sentencia no ayuda” con el objetivo de aplicar la justicia para las victimas que hubo en las masacres perpetuadas por fuerzas del Estado en contra de la población civil.
El fallo identificó a los exfuncionarios como partícipes del delito de encubrimiento personal al ayudar a los responsables materiales de la masacre a evadir la acción de la justicia mediante la aprobación de la Ley de Amnistía en 1993.
La jueza Mirtala Teresa Portillo de Cruz, que preside el juicio de la masacre de El Mozote, ha señalado a varios individuos implicados en estos crímenes, incluyendo a altos mandos militares como el general Juan Rafael Bustillo Toledo y José Guillermo García, entre otros.
Además de estas acusaciones, el expresidente Alfredo Félix Cristiani enfrenta alegatos por su presunta conexión con el asesinato de seis sacerdotes jesuitas y sus dos colaboradoras en la Universidad Centroamericana José Simeón Cañas (UCA) en 1989.